Trotz seiner geringen Waldbbestände hat Kirgisistan die größten Walnusswälder der Welt.

In den Wäldern leben Rehe, Bären, Marder, Wildschweine, Wölfe und Luchse. In den Hochlagen gibt es die höchst seltenen Schneeleoparden und Marco-Polo-Schafe. Die Population der Schneeleoparden brach aufgrund massiver Wilderei in jüngerer Zeit stark ein. Unter anderem durch die vom Kirgistan, dem Innen- und Umweltministerium eingesetzte Anti-Wilderereinheit BARS ging die Jagd auf und der Handel mit geschützten Arten zurück.

Murmeltiere sind in den Hochwiesen weit verbreitet. Seit dem Zusammenbruch der sowjetischen Massenweidetierhaltung dringen Wölfe wieder in wachsender Zahl in die Weidegegenden ein. Die gebirgige Lage des Landes kommt der Avifauna zugute. Als Avifauna wird die Gesamtheit aller in einer Region vorkommenden Vogelarten bezeichnet. Der Name leitet sich von den lateinischen Wörtern „avis“ für Vogel und „Fauna“ für Tierwelt ab. In höher gelegenen Landesteilen leben vor allem Greifvögel, wie Beispielsweise die Schwarzmilane (Milvus migrans), Gänsegeier (Gyps fulvus) und verschiede Adler und Falkenarten. Seit Mitte der 80er Jahre wandert der Hirtenmaina verstärkt aus Indien nach Kirgistan ein.

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